La seconda versione di WSL non si basa più su un layer di compatibilità come in passato ma utilizza la virtualizzazione di Hyper-V per usare Linux in Windows, eseguirlo in finestra e permettere lo scambio di dati tra la macchina Windows e il sistema Linux.
Fino ad oggi era ed è ancora necessario installare WSL premendo Windows+R, digitando optionalfeatures quindi spuntando le caselle Piattaforma macchina virtuale, Piattaforma Windows Hyper-V e Sottosistema Windows per Linux.