Nonostante il film The End of Evangelion avesse già dato una conclusione (controversa, ma mai quanto la conclusione della serie tv) alla trama, Hideaki Anno aveva annunciato nel 2006 di voler rimettere mano all’intera storia di Evangelion con il progetto Rebuild of Evangelion.
0 Thrice Upon a Time riprende quasi esattamente da dove si era interrotto Evangelion 3.