L'identificazione certa dei mittenti e dei destinatari, la certificazione dell'integrità del contenuto delle comunicazioni, l'opponibilità verso terzi della data/ora d'invio e dell'avvenuto invio/ricezione dei messaggi sono infatti "i contro" della PEC attuale che per essere utilizzata in ambito europeo deve essere necessariamente adeguata.
Sebbene in tanti abbiano inizialmente criticato l'iniziativa del nostro Paese che ha sentito il bisogno di dotarsi di un sistema nazionale per attribuire alle email lo stesso valore legale di una tradizionale raccomandata con avviso di ricevimento ignorando standard riconosciuti a livello mondiale come PGP e S/MIME, la PEC ha fatto breccia non soltanto tra professionisti e imprese ma anche tra gli utenti privati.