Durante la degenza Lucrezia non ha mai abbandonato il suo sposo, tuttavia il 18 agosto dopo averla fatta allontanare con un pretesto, Michelotto da Corella, sicario di Cesare Borgia, uccide Alfonso proprio nelle stanze di Lucrezia.
I Borgia accusano Giovanni di essere un marito solo di nome, quest'ultimo accusa Lucrezia di essere l'amante del padre e del fratello.