Il 9 dicembre del 2013, in seguito alla nomina di Matteo Renzi come segretario nazionale del Partito Democratico, Maria Elena Boschi entra a far parte della segreteria del Pd, con il ruolo di responsabile delle riforme.
Maria Elena, intanto, entra a far parte del consiglio di amministrazione di Publiacqua, l'azienda idrica più importante della Toscana.