Joe riparte quindi con un film che si concentra sulle origini di uno dei suoi personaggi più famosi, se non il più famoso, ovvero il ninja Snake Eyes.
Cobra ha infatti preso di mira un misterioso tesoro custodito dagli Arashikage, Snake Eyes dovrà quindi scegliere in fretta fra la sua vendetta e il bene scoprendo che anche le sue tragiche origini sono legate a questa battaglia senza fine fra fazioni contrapposte.