La nuova chiesa, consacrata il 2 ottobre del 1527 fu dedicata a San Francesco d’Assisi.
Furono i Frati Minori a fondare il loro convento, accanto alla preesistente chiesetta di San Bartolomeo nel lontanissimo 1224, quando ancora il loro fondatore –il Poverello d’Assisi– era ancora in vita.
La fondazione della chiesa, rimanda l’opera al Beato Matteo (1442/3), che volendo ingrandire il convento trasformò la preesistente chiesetta di San Bartolomeo, costruita nel 1200 dalla famiglia Luna.