Il film comincia esattamente dove finisce la prima parte, nel deserto del pianeta Arrakis, detto Dune, con Paul Atreidis (Timothée Chalamet) e la madre Lady Jessica, una delle potenti sorelle Bene Gesserit (Rebecca Ferguson) in mezzo al popolo dei Fremen, guidati da Stilgar (Javier Bardem) e la guardinga guerriera Chani (Zendaya) verso il rifugio di Sietch Tabr.