Grazie al sistema AF più potente che Nikon abbia mai progettato e alle possibilità di connessione wireless e via cavo integrate nella fotocamera, per il trasferimento delle immagini in tempo reale, Nikon D6 consente ai fotografi di creare e produrre senza vincoli.
Il sistema autofocus della Nikon D6, supportato da un processore dedicato, si affida a 105 punti AF, tutti a croce, selezionabili manualmente e ridisegnati rispetto a quelli della Nikon D5, per una copertura del soggetto 1,6 volte maggiore.