La prima nuova caratteristica è il sistema Pirate Karma.
Completando alcune missioni per un determinato personaggio o fazione, il Pirate Karma di Rufy nei loro confronti aumenterà.
La seconda nuova caratteristica è la Caccia al tesoro.
Ottenibile trovando delle mappe misteriose, i giocatori potranno sfruttare la propria conoscenza di Prison Island per scoprire tesori nascosti e guadagnare nuovi ingredienti e oggetti, che aiuteranno Rufy nella sua missione.