I fondi europei indiretti, gestiti a livello nazionale e regionale, richiamano invece prevalentemente le piccole imprese e gli enti locali poiché permettono di raggiungere direttamente i cittadini attraverso opere concrete, tra cui quelle legate alle infrastrutture.
Relativamente ai bandi gestiti a livello nazionale e regionale (cosiddetti fondi indiretti), i progetti devono essere realizzati in italiano e in alcuni casi richiedono un consorzio nazionale o regionale.