Se a livello di contenuti troviamo tutti quelli della versione base, e la raccolta dei DLC usciti nei mesi successivi al lancio, Pikmin 3 Deluxe alza la posta in gioco aggiungendo un nuovo set di missioni storia dedicate al Capitano Olimar e al suo fido secondo Louie, protagonisti indiscussi dei primi capitoli.
Se nella formula base Pikmin 3 è un titolo che richiede impegno dal parte del giocatore, che mette in risalto una formula strategica che non si basa solamente sul numero di Pikmin in nostro possesso, ma nel modo in cui vengono utilizzati, in cooperativa c’è un fisiologico calo della difficoltà dovuto alla presenza di 2 giocatori.