La console verrà venduta con pre-installato Steam OS ma, come prevedibile e adesso confermato anche da Valve, Steam Deck é un PC, "quindi si possono installare software e sistemi operativi di terze parti".
Se da una parte infatti Valve sta lavorando per migliorare la compatibilità con SteamOS attraverso Proton, un tool che, in sintesi, permette di utilizzare software di emulazione, come Wine, senza che l'utente debba installare nulla e facendolo accedere al titolo selezionato attraverso Steam, dall'altra il lavoro da fare é ancora lungo e , soprattutto, oggi come oggi il gaming su PC non si limita certo alla piattaforma Valve.