Dato che anche le applicazioni per la piattaforma di Google utilizzano il kernel Linux la compatibilità con il Windows Subsystem per Android viene ottenuta attraverso un framework concepito per operare sul subsystem per Linux.
Gli utilizzatori del nuovo sistema operativo di Redmond avranno quindi la possibilità di scaricare e installare titoli pensati nativamente per il Robottino Verde direttamente dal Microsoft Store, il tutto grazie ad un Windows Subsystem per Android realizzato sul modello di quello già disponibile per Linux.