Infine, alcuni batteri responsabili delle infezioni in ospedale hanno sviluppato dei meccanismi che permettono loro di sopravvivere agli antibiotici a causa dell'uso eccessivo e a volte improprio che se ne fa.
Per esempio, il catetere urinario può portare infezioni delle vie urinarie, la respirazione assistita può condurre a polmonite, l'emodialisi a epatite, pacemaker e protesi valvolari cardiache a endocardite, gli interventi chirurgici a infezioni del sito chirurgico, che a volte arrivano fino agli organi.