Utilizzando ntfs-3g, comunque, tutti i supporti USB avviabili generati d'ora in avanti con Rufus possono essere utilizzati per il boot del sistema anche sulle macchine ove Secure Boot risulta abilitato.
NTFS diventa compatibile con Secure Boot grazie all'uso di un driver firmato da Microsoft.
Per questo motivo FAT32 non è adatto per i supporti avviabili contenenti i file d'installazione di Windows.